Jälitustoimiku puudumist kinnitasid Eesti Päevalehele riigiametnikud, kes kunagi selle vastu tööülesannete tõttu huvi tundsid.

Jälitustoimikusse kantakse uurimise käigus kogutud operatiivandmed, mida ei õnnestu tõestada, kuid millest võib hilisemate juhtumite uurimisel kasu olla. See sisaldab sageli kuriteo tegelike tagamaade kirjeldust.

Ainsad juhud, kui politsei jälitustoimikut ei koosta, puudutavad nii-öelda ilmselgeid juhtumeid, näiteks enesetappe. Seetõttu võib Estonia huku jälitustoimiku puudumist seletada väitega, et uurijad pidasid laeva uppumise asjaolusid nii ilmseteks, et ei vaevunud muid versioone kontrollima.

Samuti takistab Estonial toimunu uurimist asjaolu, et tolliameti kinnitusel on jäljetult kadunud Estonia huku aegsed tollidokumentide originaalid. Vastates põhiseaduskomisjoni järelepärimisele, kinnitas tolli- ja maksuameti peadirektor Aivar Rehe, et tollidokumentide originaalide säilimise kohta ei leitud tõendeid.

Samuti ei ole Rehe sõnul dokumentaalselt tuvastatud fakt, et kriminaalasja menetlemisel oleks uurija teostatud originaaldokumentide võetust, sest puudub dokumentide üleandmise ja vastuvõtmise akt.

Siiski selgus täiendaval kontrollimisel, et Tallinna tolliinspektuuri operatiivosakonna töötajad tegid laeva hukkumise päeval koopiad laevamanifestist ja tollidokumentidest, mis käsitlesid 27. septembril 1994 parvlaevale Estonia laaditud kaupa. Need koopiad on säilinud osakonna arhiivis ja asuvad praegu maksu- ja tolliametis.