President osutas seadust tagasi lükates sellele, et mitmed selle sätted ei ole kooskõlas põhiseadusega. Seaduse peamised muudatused puudutavad kõrghariduse tasemeõppe rahastamist riigieelarvest ning üliõpilaste õigusi ja kohustusi riigieelarvest rahastatava kõrghariduse omandamisel.

Seaduse kohaselt eraldatakse kõrgkoolidele edaspidi kõrgharidustaseme õppe läbiviimiseks riigieelarvest tegevustoetust, mis ei ole enam üldjuhul seotud konkreetsete õppekohtade ja lõpetajate arvuga. Lisaks näeb seadus ette ainepunktide kumulatiivse arvestuse kõikide semestrite lõikes. Akadeemilisel puhkusel olevale üliõpilasele antakse õigus kuulata loenguid, kuid mitte sooritada eksameid ja arvestusi.

Riigikogu põhiseaduskomisjoni ja kultuurikomisjonides toimunud aruteludes tõdeti, et president oma veto kaudu ei vaidlusta eelnimetatud seaduse ja selle juurde kuuluvate aktide kontseptsiooni, eesmärke ja sisu.

Vaidlustatud on selles seaduses kasutatud õigusliku regulatsiooni vorm või ka õigusliku regulatsiooni tase. President osundas, et osa regulatsiooni oleks tulnud anda seaduse tasemel nii, nagu nõuab seda põhiseadus, ja mitte valitsuse akti ehk määruse tasandil. Samuti tuleks presidendi arvates reguleerida mõnda probleemi selgemalt, sealhulgas näha ette ka võimalike tekkivate vaidluste lahendamise kord.

Nii kultuurikomisjon kui ka põhiseaduskomisjon tegid riigikogu täiskogule ettepaneku võtta presidendi poolt välja kuulutamata jäetud seadus uuesti menetlusse. Riigikogu 65 liiget toetasid seda ettepanekut, vastu ja erapooletuid ei olnud.