„Hodorkovski on suli ja nende ettevõte ei olnud segatud mitte ainult sulioperatsioonidesse, vaid ka mõrvadesse,“ ütles Putin, lisades, et Hodorkovski enese osalemine organiseeritud mõrvades tõestust ei leidnud.

Siiski väljendas Putin seejärel kahtlust selle üle, et mõrvad toime pannud JUKOS-e turvateenistuse töötajad tegutsesid omal algatusel.

„Ma arvan, et nii ei juhtu. Aga ei ole tõestatud, tähendab ei ole tõestatud. Aga tõestati teised faktid tema õigusvastase tegevuse kohta, mistõttu sai ta vastava karistusaja,“ lausus Putin.

Hodorkovski ja panga MENATEP endine president, JUKOS-e aktsionär Platon Lebedev mõisteti 2005. aastal üheksaks aastaks vangi kelmuse, raiskamise, varalise kahju tekitamise pettuse või usalduse kuritarvitamise kaudu, maksudest kõrvalehoidmise ja kohtu otsuse täitmata jätmise eest. Hiljem lühendas Moskva linnakohus karistusaega aasta võrra.

Teises kohtuasjas said ärimehed 2010. aastal nafta riisumise eest 14-aastase karistuse, mis hiljem lühendati 10 aastale ja kuuele kuule.

2013. aasta lõpus andis Putin Hodorkovskile armu ja ta vabastati kolooniast. 2014. aasta jaanuaris lühendas ülemkohus Lebedevi karistust 10,5 aastale ja ka tema pääses vabadusse.

2016. aastal kuulutas Venemaa Hodorkovski rahvusvaheliselt tagaotsitavaks. Uurijate väitel andis Hodorkovski aastatel 1998-1999 mõrvaks korralduse oma alluvatele Leonid Nevzlinile ja Aleksei Pitšuginile ning teistele isikutele. Neftejuganski linnapea Vladimir Petuhhov lasti maha 1998. aasta 26. juunil, Hodorkovski sünnipäeval. 2007. aastal mõistis kohus selles asjas süüdi JUKOS-e turvateenistuse ülema Pitšugini ja määras talle eluaegse vangistuse. Mõrva tellijaks nimetati JUKOS-e asepresident Nevzlin, kes oli selleks hetkeks Venemaalt lahkunud.