Bastrõkini ametkond sattus skandaali keskmesse juulis seoses kriminaaljuurdluste alustamisega SKR-i kõrgetasemeliste töötajate üle. Süüdistused altkäemaksuvõtmises eriti suures ulatuses esitati SKR-i ametkondadevahelise koostöö ja isikliku julgeoleku valitsuse juhile Mihhail Maksimenkole, tema asetäitjale Aleksandr Lamonovile ja Moskva peauurimisvalitsuse juhi asetäitjale Deniss Nikandrovile. Föderaalse julgeolekuteenistuse (FSB) uurijate väitel üritasid süüdistatavad korraldada raha eest kuritegeliku autoriteedi Zahhari Kalašovi (hüüdnimega Šakro Molodoi) inimeste vabadusse pääsemist. Võtmerolli selles asjas mängis Maksimenko, kes RBK allikate sõnul oli üks SKR-i mõjukaimaid töötajaid ja Bastrõkini sõber. SKR-i ametlik esindaja Vladimir Markin avaldas siis FSB töötajatele tänu töötajate vahistamise eest.

RBK allika teatel oli Bastrõkini karjääri küsimus peale neid vahistamisi juba otsustatud, kuid kõik kaadrimuudatused jäeti riigiduuma valimiste järgsesse perioodi.

FSB allika teatel on rahulolematus Bastrõkiniga kogunenud pikema aja jooksul. SKR-i juht on omale liigset tähelepanu tõmmanud. 2015. aastal väljendas rahulolematust Bastrõkini tööga ühel nõupidamisel ka president Vladimir Putin, teatasid valitsusele lähedased allikad.

Allikate sõnul võib SKR-i uueks juhiks saada senine asejuht, justiitskindralmajor Igor Krasnov. Teoreetiliselt on võimalik ka, et sellele ametikohale asub Peterburi kuberner Georgi Poltavtšenko.

Kolmapäeval sai teatavaks, et SKR-ist lahkub selle ametlik esindaja Vladimir Markin, keda süüdistatakse plagiaadis. Septembri alguses esitles kindralmajor Markin raamatut „21. sajandi kõige kõmulisemad kuriteod Venemaal“, pärast mida teatasid Novaja Gazeta ja Kommersandi ajakirjanikud Nadežda Prussenkova ja Ilja Barabanov, et Markin on kasutanud nende avaldatud tekste ilma loata ja viitamata. Kirjastus Eksmo teatas seepeale, et Markini raamat anti ilma viideteta välja tehnilise vea tõttu. Kolmapäeval oleks raamatupoes Moskva pidanud toimuma Markini kohtumine lugejatega, kuid see jäeti poest mittesõltuvatel asjaoludel ära.

Allikate teatel olid Markinil keerulised suhted enamikuga SKR-i uurijatest. Tihti ei hoiatatud teda eesseisvate läbiotsimiste või muude operatiivtegevuste kohta ette.