Tartu linn on seisukohal, et riigi eriplaneeringu kasutusala ja suur riiklik huvi ei ole seaduses üheselt mõistetav, eriplaneeringu regulatsioon riivab omavalitsuse enesekorraldus- ja otsustusõigust oma arengu planeerimisel ning on vastuolus kohaliku omavalitsuse põhiseaduslike tagatistega.

Tartu hinnangul kujutab riigi eriplaneeringuga kavandatavate ehitiste planeerimine riivet omavalitsuse enesekorraldusõigusele, kes ei saa lõplikult otsustada oma territooriumil toimuva üle.

Riigi eriplaneeringugust tulenevat sekkumist ei ole planeeringuala omavalitsustel võimalik vältida, kuna riigi eriplaneeringu algatamises, koostamises ja kehtestamises on neil võimalik osaleda üksnes arvamuste ja ettepanekute esitamisega.

Planeerimisseadus näeb ette, et riiklikku huvi väljendav planeering peab lähtuma riiklikest huvidest, arvestades võimaluse korral kohalikke huvisid.

Sekkumine riigi eriplaneeringuga mõjutab omavalitsuse enesekorraldusõiguse teostamist, otsuse- ja valikuvabadust. Riigi eriplaneeringuga kavandatud ehitise ehitamisest ja käitamisest tulenevad mitmesugused mõjud ehitise asukoha omavalitsuse ning
naaberomavalitsuste majanduslikule, sotsiaalsele ja kultuurilisele arengule ning looduskeskkonnale.

Omavalitsus, kus riigi eriplaneeringuga kavandatud ehitisest tulenevad
mõjud avalduvad, peab hakkama nimetatud mõjudega tegelema (sh negatiivseid mõjusid leevendama) ja varasemalt tehtud arenguplaane vastavalt kohandama. Sisuliselt tähendab see ka sekkumist poliitilistesse valikutesse – riigi eriplaneeringu elluviimine võib oluliselt pärssida rahvalt mandaadi saanud poliitilise jõu programmiliste seisukohtade realiseerimise võimalust.

Riigi eriplaneering koostatakse eelkõige maakonnaüleste huvide
väljendamiseks riigikaitse ja julgeoleku, energeetika, gaasi transpordi, jäätmemajanduse ning maavarade kaevandamise valdkonnas või eespool nimetatud huvide väljendamiseks avalikus veekogus ja majandusvööndis.

Tartu kaebas, et seaduses pole piisavalt selgelt määratletud, mis on "suur riiklik huvi", mida eriplaneering eeldab. "Kas suur riiklik huvi võib väljenduda ka kaudselt, näiteks üksnes läbi selle, et riigil on huvi erahuvides rajatava ehitise toimimisega kaasneva positiivse majandusmõju vastu?" küsis Tartu linn.

Kaebuse kontekstiks oli hiljutine katse kehtestada riigi eriplaneering, et rajada Tartu lähedale tselluloositehas. Valitsus loobus sellest mõttest tartlaste terava vastuseisu tõttu.