Vanade struktuuriüksuste baasil alustasid 2008. aastal Tallinna Ülikooli koosseisus tegevust eesti keele ja kultuuri instituut, germaani-romaani keelte ja kultuuride instituut, informaatika instituut, infoteaduste instituut, kasvatusteaduste instituut, kunstide instituut, matemaatika ja loodusteaduste instituut, psühholoogia instituut, riigiteaduste instituut, slaavi keelte ja kultuuride instituut, sotsiaaltöö instituut ning terviseteaduste ja spordi instituut.

Ühtekokku on uuest aastast Tallinna Ülikooli koosseisus 21 struktuuriüksust, kus tegeletakse õppe- ja teadustööga.

Struktuurimuudatuse tekitas vajadus ühtlustada Tallinna Ülikooli akadeemilist organisatsiooni ning madaldada hierarhiat neis kohtades, kus võimalik. Rektor Rein Raua sõnul võidavad muudatusest nii töötajad kui ka üliõpilased: ülikoolis töötavatel inimestel on nüüd rohkem võimalusi rääkida kaasa oma tegevuse korraldamisel, üliõpilastel aga on väiksemates üksustes lihtsam lahendada oma probleeme ning olla kaasatud.

Tallinna Ülikooli akadeemilise organisatsiooni koosseisus jätkavad senituntud struktuuriüksustest ajaloo instituut, akadeemiline raamatukogu, Balti Filmi- ja Meediakool, Eesti demograafia instituut, Eesti humanitaarinstituut, nüüdiskultuuri uurimiskeskus, Haapsalu kolledž, rahvusvaheliste ja sotsiaaluuringute instituut ning kodanikuühiskonna uurimis- ja arenduskeskus, Rakvere kolledž, ökoloogia instituut.