Suurima muutusena võrreldes 2005. aastaga, mil riigikontroll korraldas eelmise auditi, on loodud võimalus tutvuda muuseumikogudega internetikeskkonnas ühtses muuseumide infosüsteemis (MuIS). Infosüsteemi pole aga suurt hulka kogusid jõutud kanda ning infot museaalide kohta on sisestatud napilt. On juhtumeid, kus kirjeldus piirdub minimaalse infoga museaali kohta – näiteks stiilis „tool“, „taldrik“, „dokument“ –, mida ei saa pidada piisavaks. Olemasoleva tööjõuga ei jõuta vajalikku tööd mõistliku aja jooksul ära teha ja tõenäoliselt kulub kogu nõutava või ka olemasoleva info täielikuks sisestamiseks aastakümneid.

Kuigi 2010. aastal käidi muuseumides vähem, on nende külastatavus üldiselt olnud tõusutrendil ja kasvanud enam kui teistes kultuuriasutustes. Ka kultuuriministeerium on suuresti tegutsenud (sh investeeringute jagamisel) muuseumide külastatavuse kasvu huvides.

Riigikontrolli peakontrolör Tarmo Olgo ütles, et „ühelt poolt tegutsevadki muuseumid enam külastajate ja uurijate teenindamisega, teisalt on muuseumid tegevuskulude kärpimise tõttu olnud lihtsalt sunnitud omatulu suurendama. Muuseumide omatulu on auditeeritud perioodil koguni kahekordistunud. Karikas-klaasi-taga tüüpi muuseumid lihtsalt ei tule enam toime.“

Kuigi muuseumidesse läheb enamik valitsemisala investeeringutest ning üle kolmandiku valitsemisala tegevuskuludest, peavad muuseumid rahapuudust ja sellega seotult tööjõu puudust ikkagi peamiseks probleemiks.

Ülevaade kultuuriministeeriumi valitsemisalasse kuuluvate riigimuuseumide kogudest on paranenud, kuid osa varast ei ole endiselt nõuetekohaselt arvele võetud või inventeeritud. Muuseumides on aga ka sellist materjali, mida ei ole üldse arvele võetud.

Vähem kui pooled muuseumid on suutnud kogusid nõuetekohaselt inventeerida. Inventuuridega on katmata kokku kaheksa protsenti kõigist museaalidest. Kogud kasvavad samas kiiresti ning nende arvestusega seotud tööd tuleb üha juurde. Auditeeritud riigimuuseumide kogude suurus oli 2010. aastal 4,1 miljonit museaali. Võrreldes 2005. aastaga on kogud kasvanud kokku 16,5 protsenti (keskmiselt 3,3 protsenti aastas). Rahvusvaheliselt peetakse tavapäraseks, et kogud ei kasvaks aastas rohkem kui kaks protsenti.

Ruumipuudus on endiselt üks muuseumide suurimaid probleeme. Osa museaale on seetõttu ebasobivates tingimustes tööruumides, keldrites, katusealustes või kuurides. Vaid ligi pooltes muuseumides on museaalide säilitustingimused head või rahuldavad. Kuigi muuseumidesse on viimastel aastatel palju investeeritud, pole hoidlad olnud prioriteediks, sest nende ehitamiseks ega renoveerimiseks ei saa kasutada Euroopa Liidu toetusraha.

Kultuuriministeerium ei ole täitnud mitmeid riigikontrolli 2005. aasta auditis tehtud soovitusi. Mitmeid olulisi alusdokumente ei ole välja töötatud. Endiselt puudub ühtne üleriigiline kogumispoliitika, mis võimaldaks muuseumidevahelises tööjaotuses kokku leppida. Sellega pole loodud eeldusi muuseumivarade läbimõeldud ja koordineeritud kogumiseks. Ka Kultuuriministeeriumi juhend muuseumide kogumispoliitika dokumentide koostamiseks pole siiani valmis.

Muuseumide infosüsteemi ei ole museaalide üle peetava arvestuse alusena seadustatud. Kogude korrastamise põhimõtted on läbi vaatamata ja seetõttu pole ka juhul, kui varasem kogumistegevus pole toimunud läbimõeldult ega põhjendatult, võimalik muuseumikogusid korrastada.