Looduskaitseühendused kritiseerisid mitmete kaitsemeetmete põhjendamatut leevendamist ning sellise tegevuse mittevastavust rahvuspargi kaitse-eesmärkidele. Pakuti välja ka terviklikumat kaitset tagavad alternatiivid, uued kaitse-eesmärgid ja kaitseala uute piiride korrigeerimise võimalused. Ettepanekute tegemisel toetuti ka Keskkonnaagentuuri (KAUR) spetsialisti Uudo Timmi koostatud ekspertiisile, millega võrreldes on Keskkonnaamet oma eelnõus kohati lausa risti vastupidiseid muudatusi teinud.

KeA-le tehtud ettepanekus selgitavad looduskaitseühendused, et loodusdirektiivi ja linnudirektiivi järgi tuleb saavutada Matsalu rahvuspargis kaitstavate liikide ja elupaikade soodne seisund. Kuna seda pole veel saavutatud, siis ei saa olla õigustatud ka kaitsekorra leevendamine. Kogu Euroopa Liit tervikuna ei ole saavutanud nende direktiivide eesmärke, seetõttu on alanud kümnendil plaanis läbi viia korrektuurid kõnealuste direktiivide jõustamisel.

Ühendused pidasid küsitavaks lageraie ja intensiivsemate põllumajandusvõtete lubamist, mida senine kaitsekord on keelanud. Leiti ka, et maastikuliselt tuleks kaitsta piirkonna ajaloolist ilmet. Samuti tehti ettepanekud muuta kaitseala valitsemist uuringute-kesksemaks. See tähendab, et uuringuid tuleks teha varasemast rohkem ning muudatused kaitse-eeskirjas peaksid lähtuma elupaikade ja liikide seisukorrast. Looduskaitseühendused rõhutasid, et kohati läksid eeskirjas tehtud muudatused otsesesse vastuollu nende peamise alusdokumendi, KAUR-i spetsialisti Uudo Timmi eksperthinnanguga.

Matsalu rahvuspargi kavandatav ja ka kehtiv kaitse-eeskiri on pälvinud kriitikat mitmete organisatsioonide, huvigruppide ja spetsialistide poolt. Kõnealust rahvusparki peetakse üheks Eesti olulisemaks kaitsealaks.