Muhu- ja Saaremaa mandriga ühendamiseks tellis valitsus aastal 2006 kava, kus peamiselt on ühenduse alternatiividena kaalutud mandri ja Muhumaa vahele silla või tunneli ehitamist, alternatiiviks võib olla ka praamiühenduse parendamine, teatas Eesti Keskkonnaühenduste koda.

Kuna ühendust kavandatakse looduskaitseliselt olulisse piirkonda – Suur Väin on oluline eelkõige lindude ja viigerhüljeste rändekoridorina ning kuulub Euroopa Natura 2000 võrgustikku – ning eelduslikult on tegemist olulise mõjuga plaanidega, viidi kavale läbi ka KSH. Oluliseks osaks KSHst oli Väinamere Natura alale avaldatava mõju hindamine (nn Natura hindamine).

KSH käigus on erinevad eksperdid asunud ühendusvariantide võimalike mõjude osas erinevatele järeldustele, eelkõige osas, mis puudutab püsiühenduse rajamist silla kujul. Mõjude hindamises osalenud linnu- ja hülgeeksperdid on leidnud, et vähemalt mõnede sillavariantide puhul ei ole välistatud oluline mõju lindudele ja viigerhüljestele. Lõpptulemusena on KSH aruandes aga nende ekspertarvamused kõrvale jäetud ja järeldatud, et ühelgi ühenduse alternatiivil ei oleks kaitstavatele lindudele ja viigerhüljestele olulist mõju.

Keskkonnaamet keeldus 31.05.2011. a kirjaga avalikul väljapanekul olnud esialgse KSH aruande heakskiitmisest, kuna leidis selle osaks oleva Natura hindamise olevat puuduliku. Pärast aruande täiendamist Natura hindamise võtmeeksperdi poolt ning suhtlust ekspertidega kiitis keskkonnaamet 23.09.2011. a KSH aruande siiski heaks.

EL loodusdirektiivi kohaselt ning lähtudes seda tõlgendavast Euroopa Kohtu praktikast on Natura aladel lubatud strateegiliste kavade osas teha heakskiitvaid otsuseid vaid juhul, kui otsuse tegija on lähtudes parima teadusliku teadmise abil kõrvaldanud igasuguse kahtluse, et kava ei avalda alale olulist negatiivset mõju. Antud juhul ei võimalda Natura hindamise puudulikkus otsusetegijal olulise negatiivse mõju puudumises veenduda ning seega ei ole Suure väina ühenduse kava osas võimalik õiguspärast otsust teha.

Lisaks õigusvastasusele võivad otsusel olla ka olulised reaalsed tagajärjed – nii võib sillavariandi kasuks otsustamine jäädavalt katkestada viigerhüljeste jaoks ülimalt tähtsa rändetee Väinamere ja Liivi lahe vahel ning tuua kaasa suure hulga rändlindude hukkumise.

Keskkonnaorganisatsioonid Eesti Ornitoloogiaühing, Eesti Roheline Liikumine, Eestimaa Looduse Fond, Eesti Terioloogia Selts, Säästva Eesti Instituut, Pärandkoosluste Kaitse Ühing, MTÜ Läänerannik, Tartu Üliõpilaste Looduskaitsering ja Eesti Keskkonnakaitseühing Sorex leiavad, et KSH aruande lõppjäreldused on valed ning esitasid seetõttu 15. veebruaril 2012 keskkonnaametile vaide 23.09.2011 KSH heakskiitvale otsusele. Keskkonnaorganisatsioone esindab vaidluses SA Keskkonnaõiguse Keskus.