Aaviksoo vastas "Aktuaalse kaamera" küsimusele, kas tegu on jäädava lahkumisega poliitikast, et praegu on ta esitanud erakonnast lahkumise teate ja ta ei usu, et sellest hiljem tagasipöördumist oleks.

2006. aasta septembrist Isamaa ja Res Publica Liitu kuuluv Aaviksoo kinnitas täna, et pärast kuratooriumi otsust valida ta TTÜ rektoriks esitab ta avalduse erakonnast lahkumiseks.