Kuna tegemist on nõnda mahuka isikuandmete töötlemisega, oli rahvaloendus AKI kõrgendatud tähelepanu all. Rahvaloendus kulges isikuandmete kaitse seisukohast ilma suuremate probleemideta.

E-loenduse algul ilmnenud üksikjuhtumid, kus inimene võis sattuda võõrale ankeedile, jäidki üksikjuhtudeks, sest isikuandmete lekkeoht likvideeriti koheselt.

Rahvaloenduse jooksul inspektsiooni poole pöördunud inimesed küsisid nõu erinevate andmekategooriate küsimise õigustatuse kohta, mis on märk sellest, et inimeste tundlikkus oma andmetega seotult võib olla väga erinev.