Kirikukogu on EELK kõrgeim seadusandlik ja korraldav organ, kuhu ameti poolest kuuluvad peapiiskop ja piiskopid, kantsler, assessorid ja praostid ning lisaks neile igast praostkonnast kolm valitud esindajat. Kirikukogu valitakse neljaks aastaks ja selle kutsub kokku peapiiskop vähemalt kahel korral aastas.