Teda on kujutatud Eesti kahekroonisel, tema monument troonib Tartus Toomemäel. Nii mõnigi on nimetanud teda kuulsaimaks tartlaseks. Tartu Ülikooli ajalooprofessor Aadu Must avastas üllatuslikult, et Karl Ernst von Baeri tegevus ei piirdunudki anatoomia, embrüoloogia, entomoloogia, etnograafia, antropoloogia ja geograafia valdkondades, vaid ta mängis olulist rolli ka tsaari-Venemaa luure loomises, vahendasid ERR uudised "Aktuaalse kaamera" uudist.

"Kuni 19. sajandi keskpaigani oli Vene riigi välisluures kõige olulisem roll ühe ülikooli kasvandikel ja see ülikool oli kusagil siin lähedal, see oli Tartu ülikool. Ja võib-olla üllatuslikult tuleb mängu see, et kõige enam olid hõivatud mitte õigusteadlased või majandusteadlased, vaid Tartu ülikooli arstiteaduskond, kelle hulgast on võrsunud ka akadeemik Baer," selgitas Must.