2000. aasta 21. juunil Pärnu jõelt Vana silla lähedalt startinud Enimexile kuulunud vesilennuk purunes paar kilomeetrit ülesvoolu linavabriku vastas. Lennuki põrkumisel ja purunemisel sügavas vasakus kaldes vastu jõepinda said piloot ja reisija raskeid vigastusi ning surid hiljem.

1999. aasta 30. novembril pidi Istanbulist Tallinna suunduv ASile Enimex kuuluv lennuk tehnilise rikke tõttu tegema Rumeenias hädamaandumise. Lennuameti lennuõnnetuste uurimise osakonna juhataja Tõnu Ader ütles tollal ETAle, et Enimexi lennuk AN-72 pidi maanduma pärast poolteist tundi kestnud lendu, sest piloodid avastasid lekkest tingitud õlikulu. Pilootide hinnangul ei oleks õlist Tallinnani jätkunud.

1999. aasta novembri lõpus tegi ASile Enimex kuuluv Eesti transpordilennuk Poolas hädamaandumise lennuki kapteni valearvestuse tõttu. Lennuki kapten ei tankinud lennuki kaubakogust ja sihtpunkti kaugust arvestades küllaldaselt kütust.

Enimexile kuuluva ühemootorilise lennukiga Bekas X-32 juhtus õnnetus ka 1999. aasta aprillis, kui lennuk tegi Niitvälja golfiväljakul ebaõnnestunud maandumiskatse. Spetsialistide sõnul on lennukil liiga nõrk mootor.

1995. aastal pidas Venemaa Pihkvas kinni teel Venemaalt Eestisse transpordilennuki AN 72, mille oli ostnud Eestis asuv firma Enimex.

Mullu mais andis teede- ja sideminister Toivo Jürgenson kuuele Eesti lennukompaniile esimesed Eestis väljastatud lennutegevusload, mis kehtivad viis aastat. Nende firmade seas oli ka AS Enimex.