Kaplinski sündis 22. jaanuaril 1941 Tartus. Alates 1968. aastast on Kaplinski Eesti kirjanike liidu liige, vahendas ERR.

Ta on avaldanud arvukalt luulet, proosat, esseesid ja tõlkeid.

Kaplinski sõnastas "40 kirja" esimese versiooni ja oli üks sellele allakirjutajaid.

Kaplinski oli Tartu linna aukodanik ja teda on tunnustatud Riigivapi IV klassi teenetemärgi ja Riigivapi III klassi teenetemärgiga.

2016. aastal sai Kaplinski riigi kultuuripreemia elutöö eest.

Kaplinskil oli diagnoositud amüotroofne lateraalskleroos.

"Tervis on kehvavõitu," ütles Jaan Kaplinski läinud suvel intervjuus Vilja Kiislerile. "Mul on diagnoositud ALS, seesama tõbi, mida põdes Stephen Hawking. Mul on aga vedanud: talvel saan 80-aastaseks, nii et põdemiseks eriti palju aega ilmselt enam ei jää. Omamoodi on see haigus ka huvitav, võib jälgida tema progressi (kah üks progress!), lugeda tema põhjuste ja kulgemise kohta. Selle küllalt haruldase haiguse põhjused on seni teadmata, aga julgen mõnede uute avastuste ja oma loogika põhjal oletada, et oma roll võib siin olla meie kehas, ennekõike soolestikus elavatel bakteritel, meie sisemisel ökosüsteemil, mis meid juhib palju rohkem, kui tahaksime uskuda."