Ta oli kaitseväe juhataja aastail 1996–2000. Muuhulgas teenis ta vahemikus 2001–2002 Eesti maaväe ülemana, ning oli 2002–2008 Eesti sõjaline esindaja NATO ja Euroopa Liidu juures. 2008. aasta jaanuaris läks ta reservi.

Kert oli Kaitseliidu ülem 1993-1996 ja pikaaegne Kaitseliidu vanematekogu liige.

Oktoobrist 2014 oli ta Reformierakonna liige. Ta kandideeris 2019. aasta Riigikogu valimistel valimisringkonnas nr 3 (Tallinna Mustamäe ja Nõmme linnaosa) ning osutus valituks - 708 häält. Kert kuulus ka Riigikogu eelmisse koosseisu.

Ta oli üks MTÜ Vaba Ukraina algatajatest ja Korp! Sakala vilistlane.

"See uudis tuleb väga paljudele uskumatuna. Alles mõned päevad tagasi arutasin Johannesega, kuidas aidata poliitiliste otsuste pinnalt tugevdada Eesti mere- ja õhukaitset," kirjutas Marko Mihkelson ühismeedias.

"Temas põles see ehe riigimehelik ind panustada ennast säästmata Eesti hüvanguks. Tema lahkumisega oleme jäänud väga paljust ilma - tema kogemusest ja oskusest meie riigikaitse tugevdamisel, tema pühendumusest Ukraina ja siinsete ukrainlaste toetamisel, kuid mis veelgi olulisem, lihtsalt ühest suurepärasest, alati heatujulisest inimesest. Sügav kaastunne Johannese lähedastele. Langetan pea."

“On ääretult kurb, et meie hulgast on lahkunud meie hea kaasteeline Johannes Kert. Johannese panus Eesti iseseisva kaitsevõime ülesehitamisel ja tugevdamisel Kaitseliidu ülema ja Kaitseväe juhataja ning hiljem parlamendi liikmena on olnud hindamatu. Ta oli tõeline riigimees, kes hoidis Eestit väga. Avaldame sügavat kaastunnet Johannese lähedastele,” teatas Reformierakond järelehüüdes.