Haridusministeeriumi haldusesse kuuluvad valitsusasutused nagu näiteks keeleinspektsioon ja rahvusarhiiv ja sihtasutused nagu näiteks Eesti teadusagentuur. Kuna nüüd koonduvad osad asutused vastse noorteameti alla, jääb ministeeriumile hallata seitse asutust, kui koole ja teisi haridusasutusi mitte arvestada.

Keeleinspektsiooni juht on Ilmar Tomusk, kes teenis 1. aprilli seisuga kuus 3180 eurot. Rahvusarhiivi riigiarhivaar Priit Pirsko teenis aga 4400 eurot. Sama kuupalk oli SA Eesti Teadusagentuuri juhatuse esimehel Andres Koplil. Sihtasutus Kutsekoda kaks juhatuse liiget, Tiia Randma ning Maaja-Katrin Kerem said mulluse aasta eest vastavalt 11946 ja 11700 eurot, mis teeks kuupalgaks alla tuhande euro, kuid lisaks on mõlemad ka asutuses programmijuhid, mille eest teenivad üle 2200 euro iga kuu juurde. Seega teenivad nad brutopalgana pisut üle 3200 euro kuus.

Spordikoolituse ja -teabe sihtasutuse eesotsas on Toomas Tõniste, kes teenis mullu juhatuse liikmena 36 585 eurot, seega ühes kuus võib teenistuseks lugeda 3048 eurot. Haridusministeeriumi alla kuulub veel sihtasutus Ahhaa millel on kaks juhatuse liiget, Andres Juur ja Pilvi Kolk. Ahhaa sõnutsi teenivad mõlemad kuus 3500 eurot.