Minnes teisele katsele maanduda olid piloodid uuesti sunnitud sellest loobuma. Mõlemal korral lähenesid piloodid maandumisrajale automaatrežiimil ning mõlemal korral segasid ilmastikutingimused – tugev puhanguline tuul, mis muutis pidevalt suunda. Seetõttu töötas halvasti automaatne veojõu kontroll, mis tagab lennuki liikumise etteantud laskuval või tõusval trajektooril autopiloodi režiimil.

Seetõttu otsustati alustada maandumist käsitsi. Umbes 270 meetri kõrgusel ja umbes kuue kilomeetri kaugusel maandumisrajast vajutas üks pilootidest nuppu TOGA (Take off. Go around), mis annab korralduse minna uuele ringile, ning lülitas autopiloodi välja ja võttis juhtimise oma kätte.

Eksperdid oletavad, et piloodid ei võtnud selle juures arvesse Boeing 737 maandumisrežiimilt kõrguse kogumise režiimile ülemineku spetsiifikat. Kiirel üleminekul nendes tingimustes automaatikalt käsitsi juhtimisele sööstab lennuk juhise enda poole tõmbamise korral järsult üles.

Lennuki iseeneslikku manöövrit piloodid ilmselt kas väsimusest või kogemuse puudumise tõttu õigeaegselt ära ei tundnud. Kui kiirus hakkas vähenema, leidis piloodikabiinis aset konflikt. Juhtiv piloot püüdis tõusu jätkates kiirust koguda, suurendades mootorite veojõudu. Tema paarimees arvas, et esmajärjekorras tuleb nina langetada. Ta hüüdis partnerile: „Stopp. Kuhu? Stopp! Stopp!“ Samal ajal püüdis ta tõusu peatada, tõugates juhist endast eemale.

Juhtimissignaalide vastukäivuse tõttu sööstis lennuk kiirusega 325 kilomeetrit tunnis ja 45-kraadise nurga all allapoole. Kokkupõrkeni jäänud mõne sekundi jooksul mõlemad piloodid ainult karjusid õudusest ja meeleheitest.