Eesti Mälu Instituudi viimaste uurimistööde seas on ka psühhiaatrilise sundravi kuritarvitamine ja inimeste liikumist takistava piirirežiimi kehtestamine okupeeritud Eestis. Juba lähitulevikus keskenduvad uurijad näiteks käsuliinide ja üldse võimupüramiidi toimimisele Eesti NSV-s, hariduse ideologiseerimisele, komsomoliorganisatsiooni ja ametiühingute tegevusele, sõjaväelaste kuritegudele ning ka sellele, kuidas vanemate elukäik kitsendas nende laste valikuid.

Praegu on uurijatel käsil mõniteist teemat, uurimistööd avaldatakse ajakirjas “Tuna”. Mälu Instituudi uurijate tööd koordineerib Toomas Hiio.

Eesti Mälu Instituudi asutamise algatas president Toomas Hendrik Ilves 2008. aastal, seades instituudi eesmärgiks anda Eesti kodanikele põhjalik ja objektiivne ülevaade inimõiguste olukorrast Eestis Nõukogude Liidu okupatsiooni ajal.

Instituudi tööd koordineeriva rahvusvahelise ekspertkomisjoni liikmetel on suuri kogemusi Euroopa ajaloo ning inimõiguste ja poliitiliste repressioonide ajaloo uurimisel. Komisjoni esimees on Enrique Barón Crespo (Hispaania), õigus- ja majandusteadlane, Euroopa Parlamendi president 1989–1992 ning liikmed Timothy Garton Ash (Suurbritannia), Oxfordi ülikooli Euroopa uuringute professor, Oxfordi ülikooli St. Anthony kolldži Isaiah Berlini lektoraadi juhtivteadur ja Stanfordi ülikooli Hooveri instituudi vanemteadur; Kristian Gerner (Rootsi), Lundi ülikooli emeriitprofessor, ajaloolane; Paavo Keisalo (Soome), erudiplomaat, oli aastatel 1999–2009 minister Max Jakobsoni abi tema kohustustes Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Rahvusvahelise Komisjoni esimehena; Nicholas Lane (Ameerika Ühendriigid), Ameerika Juudi Komitee endine asepresident ja rahvusvaheliste suhete komisjoni esimees, 1999–2009 Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Rahvusvahelise Komisjoni liige; Lasse Lehtinen (Soome), kirjanik, PhD (poliitiline ajalugu), 2004–2009 Euroopa Parlamendi liige; Markus Meckel (Saksamaa), usuteadlane ja poliitik, Saksa DV välisminister aprillist augustini 1990, Saksa Bundestagi liige 1990–2009; Norman M. Naimark (Ameerika Ühendriigid), Stanfordi ülikooli Robert ja Florence McDonnelli lektoraadi Ida-Euroopa Uuringute professor; Yakov M. Rabkin (Kanada), Montreali ülikooli ajalooprofessor.

Eesti Mälu Instituut ei ole õiguskaitseorgan ega kohus. Instituudi avastustest ei tulene mitte mingeid õiguslikke tagajärgi. Pigem on instituudi eesmärgiks tuvastada sündmused ja asjaolud, mis esindavad inimõiguste rikkumisi vaadeldaval perioodil. Plaanis on luua usaldusväärne andmekogu, mis võimaldaks laiemalt tundma õppida Eestis Nõukogude ajal toimunud protsesse, aga ka nende siirdeid nii kaasaegses Eesti ühiskonnas kui ka kogu Kesk- ja Ida-Euroopas alates NSV Liidu kokkuvarisemisest. See on instituudi uurimistöö tulemuseks ja ühtlasi panuseks selleteemalisse rahvusvahelisse väitlusse.