Ülikooli teatel on Ginter olnud ametis õigusteaduskonnas teaduri, vanemõpetaja ja dotsendina. Aastatel 1993–1998 oli ta õigusteaduskonna prodekaan ja aastatel 1998–2000 valiti ta esimest korda dekaaniks.

Alates 2007. aastast on Jaan Ginter olnud kriminoloogia professor TÜ õigusteaduskonna avaliku õiguse instituudis. Aastatel 2000–2009 tegutses Ginter taas prodekaanina ning 2009. aastast oli õigusteaduskonna dekaan.

1956. aastal sündinud Ginter lõpetas Tartu ülikooli õigusteaduskonna cum laude 1979. aastal. 1986. aastal kaitses ta Moskva kriminoloogia instituudis doktorikraadi. Lisaks on ta kaitsnud ka õigusteaduse magistrikraadi New Yorgis Colombia ülikoolis.

Professor Ginteri peamised uurimisvaldkonnad on alaealiste õiguserikkujate tüpoloogia, kuritegevuse ja sotsiaalse keskkonna parameetrite seos, kriminoloogiliste teooriate kohaldatavus Eesti kuritegevuse dünaamika selgitamisel, Eesti kohtusüsteemi ülesehitus, suutlikkus ja sõltumatuse garantiid jpm. Tema sulest on ilmunud 54 teaduslikku publikatsiooni, neist 12 rahvusvahelise levikuga väljaannetes.

Jaan Ginter on olnud tegev Eesti seadusloomes, kuuludes muuhulgas ka digitaalallkirja seaduse töögruppi. Ta on Eesti akadeemilise õigusteaduse seltsi liige ning väljaande Baltic Criminological Review toimetuse liige. 1998. aastast on prof Ginter olnud kriminaaljuriidika ja Euroopa Liidu finantshuvide kaitse Eesti assotsiatsiooni president.