Mart Nutt on kogenud riigikogulasena olnud parlamendis alates 1992. aastast alates ning kuulunud riigikogu VII, VIII, IX, X ja XI kooseisudesse ning aastatel 1993–1999 Tallinna linnavolikokku.

2011. aasta riigikogu valimistel kandideeris ta Tallinna Mustamäe ja Nõmme linnaosas ning kogus 1968 häält, mis oli IRLi praeguse esimehe Urmas Reinsalu järel erakonna arvestuses valimisringkonna teine tulemus.

Mart Nutt on ka Inimõiguste Instituudi juhatuse liige.