1999. aastal alustas Kuuse tööd kriminaalhooldusametnikuna. Alates 2001. aastast on ta töötanud erinevatel ametikohtadel justiitsministeeriumis. Praegu on Kuuse vanglateenistuse asejuht taasühiskonnastamise valdkonnas.

Aastatel 2008-2009 töötas ta rahvusvahelise karistusreformiorganisatsiooni Penal Reform International Lõuna-Kaukaasia regiooni direktorina, kus tema ülesandeks oli vanglatöö ja kriminaalhoolduse arendamine, valdkonna ametnike koolitamine ning rahvusvaheliste organisatsioonide projektide elluviimine Gruusias, Armeenias ja Aserbaidžaanis.

Rait Kuuse on lõpetanud Tallinna Pedagoogikaülikooli sotsiaaltöö eriala ja saanud magistrikraadi Tartu Ülikooli Euroopa õpingutes.

Tallinna vangla eelmine direktor Erkki Osolainen suundus juhtima sisekaitseakadeemia justiitskolledžit.

Kokku kandideeris Tallinna vangla direktori kohale 30 inimest. Rait Kuuse valimisel sai määravaks tema erialane juhtimiskogemus.

Kuuse viieaastane ametiaeg algab 1. veebruaril.