Mart Meri kandideeris riigikogu valimistel Sotsiaaldemokraatliku erakonna nimekirjas Tallinnas Nõmmel ja Mustamäel ning kogus 1833 valija hääle.

1999. aastal astus ta Sotsiaaldemokraatlikku erakonda ja oli IX riigikogu liige 1999–2003 ning oli X riigikogu liige 2006. aastast.

Alates 1. septembrist 2007 on Meri Eesti Instituudi tegevjuht.