Mõned kuud pärast Venemaa käivitatud sõja algust, 2022. aasta suvel läks seis Peterburi Jaani kirikuga hapuks. Valmistas peavalu Eestis tegutsevate pankade otsus keelata pangaülekanded Venemaale. Koostöös välisministeeriumiga õnnestus kirikul kommunaaltasud siiski augustiks maksta ning Peterburi eesti kultuuriselts sai jätkata kiriku ruumides eesti keele tunde ja usutegevust.

2022. aasta suvel lootis Eesti evangeelse luterliku kiriku piiskop Tiit Salumäe, et „ühel hetkel see hullumeelne sõda lõpeb“, ent mida kauem Venemaa tapatöö Ukrainas jätkus, seda keerulisemaks läks Peterburi Jaani kiriku seis. Kuigi Eesti Kontsert sõlmis 2014. aastal kiriku kasutamiseks 49-aastase lepingu, tegi Venemaa kõike, et sealsete eestlaste kultuurielu takistada.