Annuse sõnul sai kõik alguse, kui Riigi Kinnisvara AS juhatuse esimees Enn Teimann lahti lasti ning tema asemele Merko Grupi kunagine töötaja Tiit Ottis määrati. Annuse sõnul oli Teimanni arvates tegemist Annuse aktsiooniga ja kättemaksuks papa vabastamise eest algatas tema kapo töötajast poeg Rene Teimann kriminaalasja Annuse suhtes. "7. septembril 2004 sain oma maja ukse eest kätte kapo töötaja, kes üritas siseneda minu koju. Pole kahtlust, et see oli sinna saadetud eesmärgiga teha oma spioonimänge. Selle valetava ametniku sain kätte vaid seetõttu, et oli haigena kodus," kirjeldas Annus.

Merko juhi sõnul ütles ametnik, et ta tuli kontrollima Annuse naise autot, mis pidavat olema varastatud, kuigi Annuse sõnul oli see uus auto. Annuse arvates oli kriminaalasja algatamise ametlikuks versiooniks ehitusmaterjalide hankekonkurss, mis aga lõppes juba 6 päeva pärast kriminaalasja algatamist ning mille võitis Saksa firma. Annuse sõnul agiteeris kapo töötaja tunnistajat Annuse vastu tunnistama, kuid katsed Olümpia hotelli restoranis tunnistajat värvati luhtusid. "Kuna kuritegu ei olnud, siis kapo lõpetas kriminaalasja," ütles Annus ja lisas, et antud kriminaalasi on nüüdseks kuulutatud riigisaladuseks.

Mõned kuud peale kriminaalasja lõpetamist 18. augustil 2005. aastal algatati Annuse vastu uus kriminaalasi lõpunumbriga 0055 - maadevahetuse süüdistus. Merko juhi sõnul otsiti nende kontor läbi 2006. aasta 3. oktoobril, kahtlustus esitati 15. juunil 2007 ning süüdistus alles 4. aprill 2009 ehk poolteist aastat peale kahtlustuse esitamist.

Maadevahetuse protsessi raames on kohtu all kunagine keskkonnaminister ja rahvaliitlaste eksjuht Villu Reiljan, keskerakondlasest parlamendisaadik ja endine põllumajandusminister Ester Tuiksoo, firma TSM juht Einar Vettus, Merko Ehituse suuromanik Toomas Annus, maa-ameti eksjuht Kalev Kangur, Saarte Investeeringute juht Tullio Liblik ning IRLi Tartu piirkonna juhatuse endine liige ja Tartu endine linnavolinik Tarmo Pedjasaar ning juriidiliste isikutena AS Järvevana ja AS E.L.L. Kinnisvara.

Riigiprokuratuuri süüdistuse järgi korraldasid Villu Reiljan keskkonnaministrina ja Kalev Kangur maa-ameti juhina, et Toomas Annuse ja tema firma Merko Ehitus ning Tullio Libliku, Einar Vettuse ja Tarmo Pedjasaare loodusobjektidega maatükkide vahetused sujuksid ning oleksid majanduslikult kasulikud.Prokurör on nõudnud maadevahetuse protsessi kahtlusalustele reaalset vangistust.