Madis Ajaots on ka Eesti Seemneliidu juhatuses ja põllumeeste ühistu Kevili asutajaliige ning tegutseb selle nõukogus.

Aasta põllumehe tiitlit 2010. aastast kandev Ajaots peab väga oluliseks koostööd teadlastega ja uusimate teadussaavutuste põllul rakendamist. Ta hoiab hoolega silma peal selle valdkonna uudistel ja käib silmaringi avardamas nii siin- kui sealpool piiri.

Nii oli Madis Ajaots Eestis üks esimesi, kes hakkas kasutama vahekultuure, et mullaviljakust säilitada ja parandada. Nüüd katsetab ta Eestis uudse kilemultši tehnoloogiaga, kasvatades maisi ja sojauba biolaguneva kile all.