Ajalooliselt on Toom-Kooli tn 6 asuv Toomkirik kuulunud Eestimaa Rüütelkonnale ja saksakeelsele kogudusele, kellelt Eesti Vabariik hoone ära võttis ning 1927. aastal Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku piiskopile kasutada andis.

1927. aastal asutati eestikeelne EELK Tallinna Piiskoplik Toomkogudus, kes tegutseb kirikus tänaseni.