McCain külastas Eestit viiel korral, 2001., 2004., 2014., 2015. ja 2016. aastal.

Ametlikudel visiitidel käis McCain Eestis kolmel korral. 2014. aastal tuli vabariiklane Eestisse selleks, et arutada Ukraina kriisi riigijuhtidega.

2015. aastal arutas McCain Eestis küberkaitset ja avaldas toetust ka Eston Kohverile. McCain kohtus riigijuhtidega ja märkis, et arutas president Toomas Hendrik Ilvese, peaminister Taavi Rõivase ja välisminister Marina Kaljurannaga mitmetel huvitavatel teemadel.

2016. aasta viimastel päevadel külastas McCain viimast korda Eestit. Eesti riigikaitse ja julgeoleku tugevdamise eest sai McCain kaitseväe juhataja Riho Terraselt Kaitseväe teenetemärgi.

McCain on veel teeninud Maarjamaa Risti I klassi teenetemärgi.