Kuna Sääre looduskaitseala oluline kaitse-eesmärk on kaitsta seal pesitsevaid veelinde, hinnati kaitseala kaitsekorra planeerimisel võimalikke lindude pesitsemisedukust mõjutavaid negatiivseid tegureid ja nende mõju olulisust, sealhulgas ujuvvahenditega kaasnevat võimalikku negatiivset mõju.

Uue kaitseala kaitsekorrast lähtuvalt ei ole lubatud lohesurf Sääre lahe sihtkaitsevööndis kolm kuud – 15. aprillist 15. juulini. Lohesurfi keelamine kaitsealal on esmakordne juhtum Eestis.