Punase raamatu eesmärgiks on anda ülevaade erinevate liikide haruldusest ning liikide väljasuremisele viivatest ohtudest, seega on raamat mõeldud töövahendiks eelkõige teadlastele ja looduskaitsjatele.

Uuendatud Eesti punane raamat on koostatud Eesti Teaduste Akadeemia looduskaitse komisjoni koordineerimisel, toimkonna töös osales ligi 30 erinevate liigirühmade asjatundjat meie ülikoolidest ja
vabaühendustest.

Erinevalt varasematest punastest raamatutest on seekordse punase raamatu liikide ohustatuse kategooriad muutunud. Uute kategooriate aluseks võeti maailma looduskaitse liidu (IUCN) punase raamatu nimestiku viimane, 2003. a. täiendatud versioon.

Uues punases raamatus on kasutusel kategooriad nagu regionaalselt välja surnud (RE), äärmiselt ohustatud (CR), eriti ohustatud (EN), ohualtid (VU), ohulähedased (NT) ja puuduliku andmestikuga liigid (DD). Lisaks on kasutusel tavaliste liikide puhul tähis (LC), võõrliikidel tähis (NA) ja (NE) nende liikide puhul, kelle haruldust ei ole hinnatud.

Eesti punases raamatus on äärmiselt ohustatud liikidena välja toodud näiteks järvekaur, merivart, must-harksaba ja tuttlõoke. Samuti on eriti ohustatud liikideks nimetatud viigerhüljest, rabapüüd, tutkast, roherähni, ohualtiks peetakse ka lendoravat.

Mitmete Eesti liikide ohustatuse aste on võrreldes eelmise punase raamatuga muutunud. Kui 1998. aastal hinnati näiteks liike rohe-kärnkonn, harivesilik ja kivisisalik haruldaseks, siis nüüd on
rohe-kärnkonn äärmiselt ohustatud ja harivesilik ning kivisisalik ohualtid. Samas on ka positiivseid trende: võrreldes 1998. aasta seisuga on meie samblaliikidest ohustatute kategooriast välja arvatud ning
tavaliste liikide kategooriasse viidud 20 liiki (6 helviksammalt ja 14 lehtsammalt), ka on näiteks linnuliik põldvutt kategooriast ohualtid liikunud leebemasse kategooriasse ohulähedased.

Varasemalt on Eestis Teaduste Akadeemia looduskaitse komisjoni eestvedamisel punane raamat kokku pandud kolmel korral — aastail 1979, 1988 ja 1998. 1982 aastal on punasest raamatust välja antud ka nn
rahvaväljaanne, kuhu on lisatud liigikirjeldused, mis aitavad liike looduses paremini ära tunda.