„Territoriaal-poliitilise ümberkorralduse puhul Balti riikidele (Soome, Eesti, Läti, Leedu) kuuluvatel aladel tähistab Leedu põhjapiir ühtlasi Saksamaa ja NSVL huvisfääride piiri” (lisaprotokoll p. 1, 23.08.1939).

MRP ja selle salajased lisaprotokollid muutsid kogu rahvusvahelist olukorda ja soodustasid Teise maailmasõja vallapäästmist. 1. septembril 1939 alustas Saksamaa kallaletungi Poolale, st algas Teine maailmasõda, 17. septembril ründas aga Poolat NSV Liit. 27 päevaga Poola purustati, misjärel korraldati sealsamas natsi-Saksamaa ja NSV Liidu ühine võiduparaad. Pärast Poola riigi hävitamist hakkas Stalin kooskõlastatult Saksamaaga samm-sammult ellu viima oma agressiivseid plaane Balti riikides. Soome ja NSV Liidu vahel peetud Talvesõja tulemused ning Poola annekteerimine avasid tee MRPs ettenähtud Baltimaade okupeerimiseks.

Eestisse rajati NSVLiidu sõjaväebaasid

Juba 1939. aasta sügisel suruti Eestile, Lätile ja seejärel ka Leedule peale NSV Liidu sõjaväebaasid. Septembri keskpaigaks oli Eesti piiridele koondatud 160 000-meheline Punaarmee väekoondis, mis oma suuruselt ületas kümnekordselt Eesti relvajõud (16500 meest). 28. septembril sõlmiti NSV Liidu ja suhetes hirmuäratava idanaabriga üksinda jäetud Eesti Vabariigi vahel vastastikuse abistamise pakt, millega toodi Lääne-Eestisse 25 000 punaväelast. Kuigi pakti elluviimine ei tohtinud riivata poolte suveräänseid õigusi, oli see ebavõrdne leping, mis piiras oluliselt Eesti suveräänsust, kaotas tema neutraliteedi ja muutis Eesti NSV Liidu protektoraadiks. Samalaadsed lepingud sõlmiti ka Läti ja Leeduga.

1940. aasta kesksuvel, mil kogu maailma tähelepanu oli suunatud Saksa sõjamasina surve all kokku varisevale Prantsusmaale, okupeeris NSV Liit kolm Balti vabariiki. 16. juunil esitas NSV Liidu välisminister Molotov Eestile ultimaatumi (sama ka Läti ja Leedu puhul), milles süüdistati Balti riike vastastikuse abistamise paktide rikkumises ja sõjalise liidu moodustamises, mis ähvardavat NSV Liidu julgeolekut. Balti riikidelt nõuti uute, Nõukogude-meelsete valitsuste moodustamist ning Punaarmee takistamatut sissepääsu. Kuna abi polnud kusagilt loota, siis Eesti valitsus võttis ultimaatumi vastu ning 17. juunil tulid Punaarmee üksused — ligi 100 000 meest — Eestisse ja okupeerisid koos baasivägedega kogu riigi. 17.- 21.06.1940 moodustati okupeeritud Balti riikides „rahvavalitsused” ning 3. augustil liideti NSV Liiduga Leedu, 5. augustil Läti ja 6. augustil Eesti.

Moskvas koostati küüditamise käskkiri

Eestisse ei olnud jõudnud veel nõukogude väed, kui Moskvas koostati juba NKVD (I. Serov) käskkiri nr. 001223 Leedu, Läti ja Eesti elanike küüditamise kohta. Kavakindlale hävitamisele kuulus Eesti poliitiline juhtkond, ohvitserkond ja haritlaskond. Ka edukamad majandustegelased, tähtsamad ametnikud, põlistalude omanikud. Inimesed tuli arreteerida, nende vara konfiskeerida ning saata nad 5-8 aastaks laagrisse koos järgneva 20-aastase asumisega. Asumiskohas pidid arreteerituid ootama nende perekonnad.

Okupeeritud Balti riigid olid ainsad, kelle iseseisvust sõja lõppedes ei taastatud ja kelle suhtes ei kohaldatud Atlandi hartat, kuigi ka NSV Liit oli 1941. a sellega ühinenud. Balti riigid olid ainsad Rahvasteliidu liikmed, kes ei pääsenud ÜROsse. Eesti Vabariigi juriidilist edasikestmist järgnenud pea poole sajandi jooksul kehastas eksiilvalitsus.