Mustamäe pühakoda rajatakse Tallinna omandis olevale Kiili tn 9 kinnistule.

EELK saab linnalt tasulise hoonestusõiguse 99 aastaks, hoone peab olema kasutusvalmis hiljemalt kümne aasta pärast. Kirikuhoone ruumide üldpinnaks on kavandatud kuni 1200 m2.

Kirik on plaanis rajada eeskätt annetuste toel. Hoonesse on lisaks koguduse tavategevusele jumalateenistuste, koguduse ringide ja ürituste näol planeeritud ka kontsert- jms laiemale avalikkusele suunatud tegevus.

Sakraalhoonesse kavandatakse ruumid laste päevakeskuse ja noorte tugikeskuse jaoks, erinevad ringiruumid, mida saab kasutada hingehoidlike vestluste ja diakooniatöö tarvis, kiriku köök (supiköök) ja kiriku kantselei koos abiruumidega.

Hoonestusõiguse seadmise tingimuste kohaselt peab kirikuhoone ehitus algama hiljemalt kolme aasta pärast ning kirik kasutusvalmis olema hiljemalt kümne aasta pärast, arvates linna ja EELK vahel hoonestusõiguse seadmise lepingu sõlmimisest.

EELK konsistoorium palus linnavalitsuselt leida lahendus EELK Mustamäe Maarja Magdaleena koguduse ruumiprobleemidele, et rajada Mustamäele kirik, mis vastaks ühiskonna vajadustele ning pakuks Mustamäe elanikele võimalust käia kirikus oma kodukoha lähedal.

Praegu üürib kogudus ruume Mustamäe Linnaosa valitsuse soklikorrusel aadressil A. H. Tammsaare tee 135. Koguduse juures tegutsevad leerikool, laste loominguringid, noorte osadusgrupid ja eakate teelauad. Korraldatakse loenguid erinevatel teoloogilistel teemadel.

Samuti on kogudus korraldanud loenguid pere ja toimetuleku teemadel lastega peredele, suviseid lastelaagreid ja ekskursioone vanemale põlvkonnale. Olulist rõhku pannakse hingehoiutööle.