Endel Annus on uurinud eesti kalendrikirjanduse ajalugu, aabitsalugu ja eestikeelse piibli väljaandmise historiograafiat, kuid tema elutööks sai eesti retrospektiivse rahvusbibliograafia koostamine ja toimetamine, vahendab ERR Uudised.

Juba kirjandusmuuseumis töötades võttis ta muuseumi tegevuskavasse eesti raamatute üldnimestiku koostamise. Paarkümmend aastat hiljem koostas ta lootusetu optimisti ja maksimalistina retrospektiivse rahvusbibliograafia põhjaliku programmi, kuigi selle väljaaandmiseks sel ajal suurt lootust polnud.

1978. aastal asus ta juhtima ja täide viima oma pikka aega kavandatud tööd. Nii suudetigi suuremate raamatukogude ühistööna Endel Annuse juhtimisel 1990ndatel välja anda esimesed köited eesti raamatu bibliograafiat aastatest 1525-1917. Praeguseni on ilmunud kaheksa mahukat köidet eesti raamatu ja ajakirjanduse bibliograafiat, mis registreerivad eesti kirjasõna aastasadade jooksul.