MES loodi kümme aastat tagasi Eesti Kunstimuuseumi uute hoonete kompleksi rajamiseks, peale Kumu hoone valmimist korraldas MES Eesti Lastekirjanduse keskuse ja Eesti Riiklik Nukuteatri hoonete renoveerimist.

"Käesolevaks ajaks on sihtasutus peamised põhikirjalised eesmärgid täitnud ja jäänud on Sihtasutuse valduses olevate kinnistute ning neil asuvate hoonete rentnikele haldusteenuse osutamine sõlmitud lepingute kaudu," kirjutas kultuuriministeerium sulgemise korralduse seletuskirjas.

Lisaks pakub MES käesoleval ajal keskmuuseumitele ehitus- ja renoveerimisprotsessiga kaasnevate spetsiifiliste valdkondade ning tegevustega seotud nõustamist ja tellija esindamist arendusprojektides, näiteks Eesti Meremuuseumi Lennusadama arendusprojektis, Eesti Kunstimuuseumi Kadrioru lossi ja Niguliste kiriku renoveerimistöödel ja Eesti Tervishoiu Muuseumi renoveerimistöödel.

MESile kuulub rida kinnistuid, need antakse üle RKASile.