Aastal 1995 sai palju tähelepanu toonase kaitsejõudude juhataja Aleksander Einseln otsus määrata reservi brigaadikindraliks ülendatud Märt Tiru, kuna väidetavalt rikkus Tiru teenistuskohtades purjutamist keelavat käsku. Tiru kaebas Einselni kohtusse ja võitis.

2001. aastal nõudis erukindral Einseln toona peaministri ametis olnud Mart Laari tagasiastumist. Teatavasti tulistas Mart Laar Meegomäe lahingukoolis Edgar Savisaare pilti. "Jahmatamapanevad üksikasjad ümberkäimisest tulirelvadega, oma võidujoovastuse, vihkamise ja põlguse ülbe ja küüniline väljaelamine opositsiooniliidri pilti tulistades Meegomäe lahingukoolis ning nende piinlike faktide ilmsikstuleku järgne vassimine, valetamine ja salgamine kompromiteerivad tõsiselt kogu seda poolvirtuaalsel inimjahil osalenud seltskonda ja varsti ka kogu Eesti riiki," lausus Einseln avalduses.

Samal aastal said president Lennart Merilt Riigivapi II klassi ordeni teiste seas ka lindiskandaaliga Edgar Savisaar ning peaminister Mart Laar.

Keeldus ordenivastuvõtmisest

Einseln pälvis palju tähelepanu sellega, et keeldus presidendilt ordenit vastu võtmast. 2002. aastal - kuus aastat hiljem - sai ta president Arnold Rüütlilt kätte Kotkaristi esimese klassi ordeni, mis anti talle 1996. aastal teenete eest Eesti riigikaitse ülesehitamisel.

Sama aasta augustis sattus Einseln kohtu ette, kus eitas oma süüd seotuses illegaalse relvaäriga, kus toodi Soomest Eestisse ligi 2,5 miljoni krooni väärtuses laskemoona ja relvi. Erukindral toonitas, et temal polnud mingit põhjust anda oma alluvatele 1994. ja 1995. aastal luba kaitsejõududele relvade soetamiseks. Einselni sõnul oli tegu poliitilise tagakiusamisega, mis oli selleks ajaks kestnud juba seitse aastat. 2003. aastal mõistis kohus Einselni õigeks kuriteo koosseisu puudumise tõttu. Einselni kohtuasi ületas uudisekünnise isegi Washington Times´i leheveergudel.

Saksa ajakiri Der Spiegel kirjutas 2000. aastal Einselnist kui erukindralist, kes lasi parvlaeva Estonia 1995. aastal põhja lasta. "Mind olevat saadetud USAst Eestisse selleks, et siin Vene sõjatehnikat üles osta ja see uurimise jaoks edasi Ameerikasse toimetada. Mind olevat ka hoiatatud, et Rootsi politsei oli minu plaanist teadlik ja ootas laeva Stockholmis. Skandaali vältimiseks olevat ma siis andnud käsu Estonia põhja lasta," kirjeldas Einseln. Õnnetuse uurimisega seotud inimesed ei pea sellist oletust põhjendatuks.

Arveteklaarimine Mart Laariga aga jätkus, kui Einseln nimetas endist peaministrit Mart Laari hulluks. Einselni pahameele põhjustas Laari mälestusteraamatus avaldatud seik. Laar kirjeldas mälestusteraamatus "Eesti uus algus", kuidas kindral Aleksander Einseln viis 1993. aastal Eesti-Vene suhete madalseisu ajal kaitseväe suurendatud lahinguvalmidusse ja andis mobilisatsioonikäsu. "Tõukejõud, mille mõjul nii suure rumalusega avalikkuse ette tullakse, saab olla ainult üks — vaimse tervise tõsine häire," märkis erukindral. Ta lisas, et raamatu autor "peab olema hulluks läinud".

Proovis kätt poliitikas

2004. aastal kandideeris Einseln europarlamenti. Valimistel kogus ta 2745 häält ning ei pääsenud europarlamenti.

Einseln oli ka üks 2005. aastal Eesti-Vene piirileppe hukkamõistvale avaldusele allakirjutanutest.

2006. aastal kutsus erukindral korrale ETVd, kui süüdistas avalik-õiguslikku kanalit Arnold Rüütlit parodeeriva "Pealtnägija" saate reklaami näitamise eest politiseerituses, ebaõigluses ja erapoolikuses ning peab seda sekkumiseks valimisvõitlusse.

Sama aasta presidendivalimiste kohta kirjutas erukindral arvamusloo, kuidas 2006. aasta presidendikampaania lõhestab Eestit. "Praegune presidendivalimiste kampaania on viinud Eesti ühiskonna kõige teravamate vastasseisude ja sügavamate lõhedeni meie taasiseseisvunud riigi 15 aasta jooksul. Lõhestamine ja teravate konfliktide tekitamine on olnud ühe küünilise seltskonna vahend presidendikampaanias ja oma poliitika elluviimisel laiemalt. Selle viljad on juba näha. Rahva võõrandumine riigist aina süveneb. Meil on põhjust olla tõsiselt mures," kirjutas Einseln.

2007. aasta valimistel kandideeris Einseln riigikokku Eesti Kristlike Demokraatide nimekirjas.