Tubakatoodete müügipakendid märgistatakse edaspidi numbrite ja tähtede kombinatsioonist koosneva tunnusega. Tubakatoodete liikumine registreeritakse, et oleks võimalik jälgida ja tuvastada nende liikumist kogu EL-is ning kontrollida nende vastavust tubakadirektiivile. Kasutusele võetakse ka turvaelemendid, mis hõlbustab toodete autentsuse kontrollimist.

Esialgu kohaldatakse tuvastamis- ja jälgimissüsteemi ning turvaelemendi kasutamise nõuet ainult sigarettide ja isevalmistatavate sigarettide tubaka suhtes. See annab Euroopa Komisjoni hinnangul muude tubakatoodete tootjatele võimaluse saada kogemusi, enne kui tuvastamis- ja jälgimissüsteemi ning turvaelemendi kasutamise nõuet hakatakse kohaldama ka teiste tubakatoodete suhtes.

Tubakadirektiiv kohustab liikmesriike tubakatoodete jälgitavussüsteemi rakendama 20. maist 2019. Muudele tubakatoodetele hakatakse jälgitavussüsteemi rakendama 20. maist 2024.

Euroopa Liidu turule tuuakse suur hulk ebaseaduslikke tubakatooteid, mis ei vasta tubakadirektiivis kehtestatud nõuetele ning on märke, et kogused võivad veelgi suureneda. Ebaseaduslikud tubakatooted kahjustavad direktiiviga kooskõlas olevate toodete vaba liikumist ja kaitset, mis on ette nähtud tubaka tarbimise piiramist käsitlevate õigusaktidega. Lisaks on Maailma Terviseorganisatsiooni WHO tubaka tarbimise vähendamise raamkonventsiooni kohaselt nõutav, et EL võitleks ebaseaduslike tubakatoodete, sealhulgas EL-i ebaseaduslikult sisse veetud tubakatoodete vastu osana EL-i tubakatarbimise piiramise poliitikast.