EKO on sügavalt nördinud MAK ettevalmistamise käigus erinevate ekspertide tehtud suure tööpanuse ühepoolsest ja põhjendamatust kõrvale heitmisest Põllumajandusministeeriumi poolt. 2012. ja 2013. aasta jooksul tegid töörühmad, kus olid esindatud väga erinevad osapooled (sh keskkonnaühendused, põllumajandustootjad ja riigiasutused), põhjalikku tööd põllumajandusliku keskkonnatoetuse valitavate tegevuste ettevalmistamiseks. Nimetatud tegevustest loobumist viimasel hetkel võib pidada töörühmades osalenute otseseks petmiseks. EKO ei saa kuidagi nõustuda, et kõnealust otsust esitatakse Natura 2000 toetuse rahastamise paratamatu hinnana.

Olles teadlikud MAK 2014-2020 pingelisest eelarvest on EKO teinud erinevaid täpsustavaid sisulisi ettepanekuid olukorra lahendamiseks nii toimunud kohtumistel Põllumajandusministeeriumis, töögruppides kui ka kirjalikult oma seisukohti esitades. Kui põllumajandusministeerium leiab jätkuvalt, et varem töörühmades kokku lepitud meetmeid ei rakendata, peab EKO vajalikuks ennast kogu MAK ettevalmistamise protsessist taandada, sest kogu EKO poolne tööpanus on osutunud asjatuks.

EKO on avalikes huvides tegutsevate keskkonnaorganisatsioonide koostöövõrgustik, kuhu kuuluvad 10 keskkonnaorganisatsiooni: Eestimaa Looduse Fond, Eesti Roheline Liikumine, Säästva Eesti Instituut, Eesti Ornitoloogiaühing, Pärandkoosluste Kaitse Ühing, Balti Keskkonnafoorum, Eesti Üliõpilaste Keskkonnakaitse Ühing Sorex, Tartu Üliõpilaste Looduskaitsering, Nõmme Tee Selts ja Läänerannik.