Keskuse ehitamist alustati 1994. aastal arhitektide Vilen Künnapu ja Ain Padriku koostatud projekti järgi. Hoone sisekujunduse tegid Katrin ja Argo Vaikla ning akustikainseneriks on Linda Madalik.

Hoonekompleksi ehituseks on kokku kulunud ligi 58 miljonit krooni, mis pandi kokku vabatahtlikest annetustest nii üksikannetajatelt kui paljudelt, peamiselt Ameerika Ühendriikides ja Lõuna-Koreas asuvatelt metodisti kogudustelt, teatas Eesti Metodisti Kiriku Kirikuvalitsuse superintendent Olav Pärnamets BNS-ile.

Balti Misjonikeskuses asuvad EMK Kirikuvalitsus, EMK Teoloogiline Seminar ja EMK Tallinna kogudus. Tulevikus loodetakse tööle saada ka supiköök ning kristliku kirjanduse ja muusika kauplus.

Keskuse hoonekarbi püstitas AS Feer ning sisetöid tegi AS Slaider.

Kiriku pühitsemise teenistus toimub pühapäeval kell 14 Põhja- ja Baltimaade piiskopi Hans Växby ja EMK superintendendi Olav Pärnametsa juhtimisel. Osalevad ka Eesti Kirikute Nõukogu liikmeskirikute esindajad ja teised oikumeenilised külalised. Kell 19 toimub samas kontsertteenistus kammerkoor Credo ja Haapsalu Gospelkoori osavõtul. Jutlustab Lõuna-Korea piiskop Sundo Kim Soulist.

Eesti Metodisti Kirik on üks Eesti Kirikute Nõukogu liikmeskirikuid.