Maadevahetuse protsess ise on asjaosalistele kestnud ligi 8 aastat. Näiteks kohtualuse Merko juhi Toomas Annuse sõnul on ta seoses maadevahetuse protsessiga pidanud ligi 8 aasta jooksul oma advokaadiga kohtuma tihedamini, kui oma perega.

Merko eksjuhi vastu algatati kriminaalasi 18. augustil 2005. aastal. Annuse sõnul otsiti siis Merko kontor läbi 2006. aasta 3. oktoobril, kahtlustus esitati 15. juunil 2007 ning süüdistus alles 4. aprill 2009 ehk poolteist aastat peale kahtlustuse esitamist.

Pika ning kurnava protsessi üle on kohtusaalis pidevalt kurtnud ka teised kahtlusalused ning nende advokaadid.

Maadevahetuse protsessi raames on kohtu all kunagine keskkonnaminister ja rahvaliitlaste eksjuht Villu Reiljan, keskerakondlasest parlamendisaadik ja endine põllumajandusminister Ester Tuiksoo, firma TSM juht Einar Vettus, Merko Ehituse suuromanik Toomas Annus, maa-ameti eksjuht Kalev Kangur, Saarte Investeeringute juht Tullio Liblik ning IRLi Tartu piirkonna juhatuse endine liige ja Tartu endine linnavolinik Tarmo Pedjasaar ning juriidiliste isikutena AS Järvevana ja AS E.L.L. Kinnisvara.

Riigiprokuratuuri süüdistuse järgi korraldasid Villu Reiljan keskkonnaministrina ja Kalev Kangur maa-ameti juhina, et Toomas Annuse ja tema firma Merko Ehitus ning Tullio Libliku, Einar Vettuse ja Tarmo Pedjasaare loodusobjektidega maatükkide vahetused sujuksid ning oleksid majanduslikult kasulikud.

Ester Tuiksood süüdistab prokuratuur selles, et ta võttis 2006. aastal põllumajandusministrina altkäemaksu Annuselt, vastutasuna soosis aga Annuse firmasid Merko Ehitust ja AS-i E.L.L. Kinnisvara põllumajandusministeeriumile uute rendipindade otsimisel.

Prokuratuur on nõudnud kohtualustele reaalset vangistust.