Põhipalga määrad või nende vahemikud on fikseeritud ametiasutuse palgaastmestikus, mis on kehtestatud ametiasutuse palgajuhendiga. Konkreetse ametniku põhipalk määratakse vastavalt palgaastmestikus ametniku ametikohale ettenähtud palgavahemikule, seisab ATSi eelnõu seletuskirjas.

Ametiasutuses sarnasel ametikohal töötavate ametnike põhipalk võib palgaastmestikus vastava ametikoha juures välja toodud palgavahemiku raames varieeruda lähtuvalt ametniku teadmistest, oskustest ja kogemustest.

Muutuvpalk on omakorda vastavalt asutuses kehtestatud palgajuhendile põhipalgale lisaks makstav rahaline tasu. Muutuvpalk on ametniku palga ebaregulaarne osa, mille määr võib muutuda ja mille väljamaksmine on seotud kindla perioodiga. Aastas väljamakstava muutuvpalga suurus ei tohi olla suurem kui 20 protsenti ametniku aastasest põhipalgast.

Ära kaotatakse kõik toetused või lisatasud, mida seadus ette ei näe. Selle eesmärgiks on kaotada erinevused ametiasutuste vahel, kuna praegu makstakse tihti põhjendamatult väga erinevaid toetusi ning lisatasusid, näiteks sünnipäevatoetus, ranitsatoetus jne.

Samuti ei näe eelnõu ette puhkusetoetuse maksmist. Rahandusministeeriumis valminud ülevaates riigiasutuste palkade kohta on välja toodud, et puhkusetoetusi maksti 2007. aastal 62 protsendis valitsusasutustes. 2008. aastal maksis puhkusetoetust 41 protsenti valitsusasutustest. Puhkusetoetust ei makstud üldse justiitsministeeriumi ja rahandusministeeriumi valitsemisalas ning välisministeeriumis.

Puhkusetoetus ei ole justiitsministeeriumi hinnangul seotud ametniku sooritusega, mistõttu puhkusetoetuse maksmine ei ole põhjendatud.

Rahandusministeeriumi 2009. aasta palgastatistika ülevaatest tuleneb, et preemiate ja toetuste osatähtsus ametnike palgakuludes aastatel 2005–2009 vähenes. Justiitsministeerium oletas, et selle tõenäoliseks põhjuseks oli mitteregulaarsete tasude kärpimine sooviga säilitada võimalikult suurel määral töötajate senist põhipalka. Kui veel 2008. aastal maksti preemiaid ja toetusi nii riigis kui kohalikus omavalitsuses, siis 2009. aastal riigisektoris seda praktiliselt enam ei tehtud.

Eelnõu määrab ka ära, et ministeeriumi kantsleri põhipalk on seotud ministri ametipalgaga, olles 90 protsenti ministri ametipalgast. See aitab ära hoida ebavõrdsust kantslerite palgatasemes ning hoida tasakaalu ministrite ja kantslerite palgataseme vahel. Kuna kantsleri on ministeeriumi valitsemisalas kõrgeima vastutusega ametnik, ei tohiks üldjuhul teiste ametikohtade põhipalgad olla kõrgemad kantsleri põhipalgast.

Eelnõu kohaselt avalikustatakse ametiasutuse palgajuhend ametiasutuse veebilehel. Justiitsministeerium rõhutas, et palgajuhend peaks olema ajakohastatud, ehk juhul, kui palgajuhendit muudetakse, tuleb veebilehele üles panna viimane versioon.

Ametniku põhipalk ja töötaja kokkulepitud töötasu jooksva kalendriaasta seisuga avalikustatakse avaliku teenistuse kesksel veebilehel hiljemalt 1. mail. Eelnõu kohaselt ei pea avaldama ametniku muid tulusid, mis ei ole saadud seoses teenistusülesannetega avalikust teenistusest, näiteks üüritulud, kinnisvara võõrandamise tulud jne.